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Al norte, el río Harlem divide la isla de Manhattan del Bronx y del territorio continental de Estados Unidos. Varias islas pequeñas también forman parte del distrito de Manhattan, como Randall’s Island, Wards Island y Roosevelt Island en el East River, y Governors Island y Liberty Island al sur, en el puerto de Nueva York. La isla de Manhattan tiene 22,7 millas cuadradas (59 km2) de superficie, 13,4 millas (21,6 km) de largo y 2,3 millas (3,7 km) de ancho, en su parte más ancha (cerca de la calle 14).
Manhattan está vagamente dividida en Downtown (Bajo Manhattan), Midtown (Medio Manhattan) y Uptown (Alto Manhattan), con la Quinta Avenida dividiendo los lados este y oeste de Manhattan. La isla de Manhattan está delimitada por el río Hudson al oeste y el East River al este.
El lecho rocoso que subyace en gran parte de Manhattan es un esquisto de mica conocido como Esquisto de Manhattan. Es una roca metamórfica fuerte y competente creada cuando se formó Pangea. Es muy adecuada para los cimientos de edificios altos y las dos grandes concentraciones de rascacielos de la isla se dan en lugares donde la formación está cerca de la superficie. En Central Park hay afloramientos de Esquisto de Manhattan y Rat Rock es un ejemplo bastante grande.



